1920年，顾颉刚毕业后留校当助教。同年冬应胡适之约标点姚际恒的《古今伪书考》，又标点崔述的《崔东壁遗书》，着手编纂《辨伪丛刊》，1922年到上海任商务印书馆编辑。这段时间他与胡适和钱玄同通过信件讨论群经辨伪问题，开始复兴历史上的疑辨运动，并把儒家的辨伪变成历史家的辨伪。 在1923年提出了“层累地造成的中国古史”的学说，引起了一场古史大论战。1926年，顾颉刚把论战双方的文章收集起来，编成《古史辨》第一册，于是，中国史学界出现了一个以“疑古”为旗帜的古史辨派。1926～1929年在厦门大学、中山大学、北京大学和燕京大学任教。1934年创办《禹贡》半月刊，由对《尚书·禹贡》的研究而倡导历史地理和边疆地理的研究。抗战时期，在昆明、成都、重庆任教。同时潜心著述，编辑刊物。