袁死后被释放。1917年脱离孙中山改组的国民党，在苏州设章氏国学讲习会，以讲学为业。１９３５年在苏州主持章氏国学讲习会，主编《制言》杂志。晚年愤日本侵略中国，曾赞助抗日救亡运动。早年接受西方近代机械唯物主义和生物进化论，在他的著作中阐述了西方哲学、社会学和自然科学等方面的新思想、新内容，主要表现在《訄书》中，认为“精气为物”，“其智虑非气”；宣称“若夫天与上帝，则未尝有矣”，否定天命论说教。其思想又受佛教唯识宗和西方近代主观唯心主义影响。随旧民主主义革命失败，思想上渐趋颓唐。在文学、历史学、语言学等方面，均有成就。宣扬革命的诗文，影响很大，但文字古奥难解。所著《新方言》、《文始》、《小学答问》，上探语源，下明流变，颇多创获。关于儒学的著作有：《儒术新论》、《订孔》等。一生著作颇多，约有４００余万字，被尊为经学大师，著作辑为《章太炎全集》。著述除刊入《章氏丛书》、《续编》外，遗稿又刊入《章氏丛书三编》。