自古以来，就有“大灾之后必有大疫”的说法。为了防止地震后出现疫情，在抢救安置工作告一段落后，四川地震救灾的重点转向了卫生防疫。 在政府的组织和救援者的帮助下，当地灾民采取了一系列防疫措施：①保护水源；②食物煮熟后食用；③消灭蚊虫；④对患病者及时隔离治疗等。 从2008年6月1日到10日，重点区域内儿童、小学生和60岁以上老人集中接种甲肝、乙脑疫苗，或口服霍乱疫苗。

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